Naruto è più deciso che mai a portare indietro Sasuke con la forza, mentre questi, Madara e Zetsu scappano promettendo al Team 7 che si rivedranno. Nel frattempo, Tsunade si sveglia dal coma e ritorna ad assumere il ruolo di Hokage, partecipando al secondo meeting dei capi villaggio in cui si decide che le uniche forze portanti ancora in vita debbano essere nascoste in un posto sicuro. Così, Naruto e Bee vengono confinati su un'isola segreta nel Paese della Nuvola; lì, Naruto incontra per la prima volta la forza portante del Bue ad Otto Code e Motoi, il guardiano dell'isola. In questo posto, Naruto, guidato da Killer Bee, inizia la prima parte dell'allenamento per il controllo della Volpe.

Finita la prima parte dell'allenamento, Naruto si appresta ad iniziare la seconda parte andando in una caverna insieme a Bee tentano di sconfiggere la Volpe con la trasmissione simultanea del loro chakra attraverso la meditazione, lì si scontra con la Volpe e tenta di catturare il suo chackra, però, sembra non riuscirci fino a che compare sua madre Kushina e, grazie al suo aiuto, Naruto prende il controllo del chakra del cercoterio. Prima di andarsene, la donna racconta al figlio che una volta era la precedente forza portante della Volpe a Nove Code ed è stato proprio Madara ad attaccare la Foglia 16 anni fa, riuscendo a far fuoriuscire la Volpe dal corpo di Kushina, ma, grazie all'intervento del Quarto, padre del protagonista, fallisce nel suo intento e si ritira. I genitori di Naruto si sacrificano sigillando sia le loro anime sia la Volpe nel corpo del loro figlio per evitare tragedie agli abitanti del villaggio.

Dopo essere riuscito a controllare il chakra della Volpe, Naruto scopre Kisame nella Samehada portata da Bee. Kisame tenta la fuga, ma viene intercettato da Gai che lo sconfigge permettendo ad Aoba di entrare nella sua mente mentre è privo di sensi, ma il Nukenin riesce a liberarsi e, per evitare di lasciare informazioni al nemico, si taglia la lingua e si fa mangiare vivo dai suoi squali. Madara, nel frattempo, dopo aver ucciso Konan e recuperato il Rin'negan di Nagato, riceve le informazioni di Kisame ed invia Kabuto e Deidara a recuperare Naruto. Dopo un lungo scontro, Kabuto rapisce Yamato in quanto la sua abilità innata servirà a creare nuovi Zetsu per l'esercito di Madara.

L'Organizzazione Alba e l'Alleanza degli Shinobi completano i loro preparativi e si mobilitano per la guerra. Kabuto, avendo imparato ad utilizzare le tecniche di Orochimaru, resuscita molti ninja famosi per potenziare l'esercito dell'Organizzazione Alba. La squadra d'assalto di Kankuro si imbatte in alcuni di questi ninja, tra cui Sasori e Deidara, e riesce a sconfiggerli. Successivamente, la divisione di Kakashi riesce a sconfiggere Zabuza ed Haku prima di concentrarsi sugli altri avversari.

Darui affronta due dei più forti guerrieri del Paese della Nuvola, i redivivi fratelli oro ed argento Ginkaku e Kinkaku. Nel frattempo, i componenti del Team 10 sono costretti ad affrontare il loro maestro Asuma mentre Mifune si batte nuovamente con Hanzo, dal quale era stato sconfitto in precedenza.

Venuto a sapere della guerra, Naruto si dirige verso il campo di battaglia seguito da Bee. Mentre lo Zetsu Bianco crea scompiglio dietro le linee nemiche, il Raikage e l'Hokage fermano l'avanzata delle due forze portanti. Tsunade decide di credere in Naruto e di lasciarlo passare, ma il Raikage non è intenzionato a cambiare idea e Bee gli ricorda il momento in cui si sono conosciuti per cercare di convincerlo.

Naruto e Bee sopraggiungono nei vari campi di battaglia per aiutare i loro amici e affrontano Nagato e Itachi. Quest'ultimo, dopo essersi liberato dal controllo di Kabuto, sigilla Nagato e si mette alla ricerca degli altri ninja resuscitati per sigillarli. Nel frattempo la squadra di Gaara è impegnata nello scontro con i redivivi precedente Mizukage e precedente Tsuchikage.